毕业生的主要就业方向为管理机构和国家机关、医学机构、国际制药、保健品企业等，主要去向为研究机构，医院影像、设备、临床工程、信息中心等相关科室，医疗器械相关企业、事业单位，政府相关管理部门等。

生物医学工程学科是应用最先进的理工科的理论与方法来研究人的生命现象与规律，因此其研究领域极其广泛，其研究方向也非常多，在每一个方向上又有着非常宽广的内容。因此，生物医学工程领域也是今后几十年内最容易出现理论突破和技术创新的学科领域之一。

同时现代医学技术的进步是和生物医学工程学的发展也是分不开的，由此可见生物医学工程专业有广阔的就业前景。

生物医学工程专业可以说是个万金油专业，本科阶段的学习只是个基础，如果想要深造，或是暂时就业前景比较严峻，可以选择考研，各个学校的侧重点不同，考研的科目也许会有变化。

生物医学工程专业毕业生可在管理机构和国家机关，医学机构（临床研究、高度专业化的医学护理，管理） , 在医疗器械的使用、销售和服务上，研究所，大学（基础研究，教学），国际制药、保健品企业（管理、研究和开发），私人机构和医生合作。

毕业生可直接参加高度专业化的医学护理和解决临床基础研究的问题，由他们研制的器械和系统对于疾病的观察、诊断、治疗、缓解起着很重要的作用。